تمارس دائرة الجوامع والمساجد المهام والاختصاصات التالية:
إدارة ورعاية الجوامع والمساجد والأوقاف التابعة لمركز السلطان قابوس العالي للثقافة والعلوم.
إعداد التقارير الدورية عن سير العمل بالجوامع والمساجد والأوقاف التابعة للمركز وفقا للسياسة العامة والضوابط المرتبطة بالقوانين واللوائح والتعليمات المالية والإدارية المعتمدة.