تتكون من قسم شؤون الأئمة و قسم خدمات المساجد، وتُمارس المهام والاختصاصات التالية:
الإشراف المباشر على الجوامع والمساجد التابعة للمركز - عدا تلك الموجودة بمحافظة ظفار.
متابعة سير العمل في الجوامع والمساجد التابعة للمركز - عدا تلك الموجودة بمحافظة ظفار - وتوفير كافة الخدمات اللازمة لها بما يمكنها من ممارسة عملها بشكل مناسب.
متابعة أعمال الصيانة والنظافة في الجوامع والمساجد التابعة للمركز ــ عدا تلك الموجودة بمحافظة ظفار - ورفع التقارير الدورية عنها بالتنسيق مع الجهات المختصة بالمنشآت السلطانية.
إعداد التقارير الدورية عن أداء العاملين بالجوامع والمساجد التابعة للمركز ــ عدا تلك الموجودة بمحافظة ظفار - ورفعها لمدير الإدارة.
التنسيق مع الجهات المختصة بالديوان لتعيين أئمة للجوامع والمساجد التابعة للمركز ــ عدا تلك الموجودة بمحافظة ظفار - ، ومتابعة إجراءات تعيينهم.