تتبع مساعد الأمين العام، وتتكون من الدوائر التالية:
دائرة شؤون المساجد.
دائرة الأوقاف والاستثمار.
مكتب جامع السلطان قابوس الأكبر.
تمارس المهام والاختصاصات التالية:
إدارة ورعاية الجوامع والمساجد والأوقاف التابعة لمركز السلطان قابوس للثقافة الإسلامية.
إعداد التقارير الدورية عن سير العمل بالجوامع والمساجد والأوقاف التابعة للمركز وفقا للسياسة العامة والضوابط المرتبطة بالقوانين واللوائح والتعليمات المالية والإدارية المعتمدة.